La Junta de Gobierno es la máxima autoridad administrativa de la Universidad de las Lenguas Indígenas de México (ULIM). Representa el órgano colegiado responsable de la conducción estratégica, normativa, financiera y administrativa de la Universidad.
Está integrada por las personas titulares de las siguientes instancias, todas con voz y voto:
- Secretaría de Educación Pública (SEP)
Preside la Junta de Gobierno. - Secretaría de Hacienda y Crédito Público (SHCP)
- Secretaría de Cultura
- Instituto Nacional de los Pueblos Indígenas (INPI)
- Instituto Nacional de Antropología e Historia (INAH)
- Instituto Nacional de Lenguas Indígenas (INALI)
- Consejo Nacional de Humanidades, Ciencias y Tecnologías (CONAHCyT)
- Centro de Investigación y Estudios Superiores en Antropología Social (CIESAS)
- Representación del Consejo Nacional de Pueblos Indígenas
Entre sus funciones principales se encuentran: aprobar el Estatuto Orgánico, los planes y programas de estudio, el presupuesto anual, la creación de nuevas unidades académicas, así como supervisar el ejercicio financiero, autorizar convenios relevantes y establecer lineamientos para la gestión de bienes, servicios y donativos de la Universidad.
Para su funcionamiento cuenta con una Secretaría Técnica y una Prosecretaría, responsables de la organización de las sesiones, el seguimiento de acuerdos y la correcta gestión administrativa del órgano.